Thật bất ngờ là không lâu sau khi bà lên kế vị, một số quân vương ở châu Âu trước đó đã đồng ý công nhận Maria Theresia lại nhanh chóng trở mặt; Vương hậu Elisabeth của Tây Ban Nha và Tuyển hầu tước Karl Albert của Bavaria - người kết hôn với chị họ của bà là Maria Amalia và ủng hộ Hoàng hậu Wilhelmine Amalia, muốn đòi quyền thừa kế.[63] Maria Theresia tranh thủ được sự công nhận của vua Karl Emmanuel III của Sardinia (người đã không công nhận Đạo luật thực dụng trong suốt thời trị vì của cha bà) vào tháng 11 năm 1740.[70]

Tháng 12, vua Friedrich II của Phổ xâm chiến Công quốc Silesia và yêu cầu Maria Theresia cắt nhường vùng đất này cho mình, đe dọa sẽ đứng về phía những người phản đối nếu bà từ chối. Maria Theresia quyết định bảo vệ vùng đất giàu có này.[73] Friedrich sau đó đưa ra một đề nghị khác: ông sẽ ủng hộ quyền kế tự của Maria Theresia nếu bà đồng ý cắt cho Phổ ít nhất một nửa tỉnh Silesia. Franz Stephan đã suy nghĩ về thỏa hiệp đó, nhưng Maria Theresia và các cộng sự của bà nhất quyết không chịu, vì lo sợ rằng bất kì hành động thất hứa nào đối với sắc lệnh thực dụng sẽ làm mất đi hiệu lực của sắc lệnh này.[74] Maria Theresia cố gắng trấn an Franz Stephan rằng họ nên chiến đấu để giữ Silesia[75] và bà tự tin là mình sẽ giữ vững "viên ngọc quý của nước Áo".[76] Cuộc tấn công vào Silesia của Friedrich khởi đầu cho sự hận thù suốt cả cuộc đời Maria Theresia đối với vị vua này, mà bà gọi ông ta là "người đàn ông xấu xa"[77]

Vì quân đội Áo quá ít ỏi và thiếu kinh nghiệm, Maria Theresia giải thoát cho Marshall Neipperg, người bị cha bà bắt giam vì thất bại trong chiến tranh với người Thổ.[79] Neipperg được nắm quyền chỉ huy quân đội Áo vào tháng 3. Người Áo gặp thất bại tan nát ở Trận Mollwitz vào tháng 4 năm 1741.[80] Pháp quốc lập kế hoạch phân chia nước Áo giữa Phổ, Bavaria, Saxony và Tây Ban Nha.[81] Marshall Belle-Isle theo về với Friedrich tại Olmütz. Thành Vienna một phen rúng động, nhưng không ai trong số các cố vấn của Maria Theresia đầu hàng người Pháp. Franz Stephan khuyên Maria Theresia tìm cách nối lại hòa bình với Phổ, và Anh[82] Maria Theresia miễn cưỡng đồng ý đàm phán.[83]

Trái ngược với dự đoán, Maria Theresia nhận được rất nhiều sự ủng hộ từ Vương quốc Hungary[84] Lễ đăng quang của bà trên ngôi vị Nữ vương của Hungary diễn ra tại Nhà thờ Martin, Pressburg ngày 25 tháng 6 năm 1741 sau khi bà đã dành khoảng một tháng để rèn luyện kĩ năng cưỡi ngựa và đặt mình về một chế độ ăn kiêng. Để xoa dịu những người coi giới tính của mình là một trở ngại để trở thành Nữ vương, Maria Theresia tự nhận là nam giới. Do đó, Maria Theresia trên danh nghĩa là [Đại Công tước và Vua]. Tuy nhiên, thông thường thì bà vẫn được gọi là Nữ vương. Không một bình luận nào vào thế kỉ XVIII cho rằng việc xưng hiệu bất chấp giới tính như vậy là không phù hợp hoặc không thể.[85]

Tháng 7, mọi nỗ lực hòa giải hoàn toàn sụp đổ. Đồng minh của Maria Theresia, Tuyển hầu tước Saxony, đã trở mặt chống lại bà[86] và vua George II tuyên bố Tuyển hầu quốc Brunswick-Lüneburg thuộc quyền quản lý của ông đứng trung lập.[87] Maria Theresia một lần nữa cần sự giúp đỡ từ Hungary. Để có được điều đó, bà đã tỏ ra yêu mến các quý tộc Hungary và tâng bốc họ nhưng vẫn tìm cách để không phải đáp ứng toàn bộ các nhu cầu của họ. Bà đã giành được sự ủng hộ của họ khi xuất hiện tại Pressburg vào tháng 9 năm 1741, hi vọng của bà là sẽ có nhiều người dân Hungary tham gia vào quân đội và ủng hộ chồng bà làm đồng cai trị. Sau khi đặt được cả hai mục đích, bà thể hiện thiện chí và sự đắc thắng của mình bằng cách cho trưởng nam và là người thừa kế Joseph, đến chỗ Nghị viện, do đó nhận được sự đồng cảm từ các quý tộc.[88][89][90]

Năm 1741, nhà cầm quyền Áo thông báo với Maria Theresia rằng người dân Bohemia muốn Karl Albert là vua của họ. Maria Theresia, trở nên tuyệt vọng, cộng thêm gánh nặng mang thai, đã viết thư cho em gái bà: "Tôi không biết liệu thành phố có còn cho tôi sinh con nữa không."[91] Bà tuyên bố trong cay đắng là sẽ là hiện giờ bà không có gì hết và không có ai bảo vệ vương quốc của bà khi viết cho thủ tướng Bohemia, Bá tước Philip Kinsky: "Tôi đã quyết định rồi. Chúng ta phải đánh cược tất cả mọi thứ để bảo vệ Bohemia."[92][93] Ngày 26 tháng 10, Tuyển hầu tước Bavaria chiếm được Prague và tự xưng là Vua của Bohemia. Maria Theresia, lúc đó đang ở Hungary, đã khóc khi biết tin mất Bohemia.[94] Karl Albert được bầu làm Hoàng đế La Mã Thần Thánh ngày 24 tháng 1 năm 1742. Nữ Đại Công tước, coi cuộc bầu cử này là một thảm họa,[95] đã chớp lấy cơ hội khi kẻ thù của bà chưa kịp chuẩn bị bằng cách tiến hành một chiến dịch mùa đông;[96] vào ngay cái ngày mà ông ta được bầu làm Hoàng đế. Quân Áo dưới sự chỉ huy của Ludwig Andreas von Khevenhüller chiếm giữ Munich, căn cứ đầu não của Karl Albert.[97]

Hiệp ước Breslau được ký kết vào tháng 6 năm 1742 chấm dứt chiến tranh giữa Áo và Phổ. Nữ Đại Công tước chuyển hướng tấn công sang Bohemia và sớm thu lại vùng đất này.[98] Quân Pháp rút chạy khỏi Bohemia vào mùa đông năm đó. Ngày 12 tháng 5, 1743, Maria Theresia tự xưng là Nữ vương của Bohemia tại Nhà thờ St. Vitus.[99][100]

Người Phổ cảm thấy lo lắng vì quân đội Áo đang ở bên kia sông Rhine, và Friedrich chiếm lấy Prague vào tháng 8 năm 1744. Kế hoạch của người Pháp thất bại khi Karl Albert chết vào tháng 1 năm 1745. Người Pháp chiếm đóng Hà Lan thuộc Áo vào tháng 5.[101]

Franz Stephan được bầu làm Hoàng đế La Mã Thần thánh ngày 13 tháng 9 năm 1745. Nước Phổ đồng ý công nhận Franz, nhưng Maria Theresia một lần nữa phải chấp nhận để mất Silesia với Hiệp ước Breslau tháng 12 năm 1745.[102] Chiến tranh kéo dài thêm ba năm nữa, với các trận đánh ở miền bắc Italia, Hà Lan thuộc Áo. Hiệp ước Aix-La-Chapelle, đặt dấu chấm dứt của Chiến tranh Kế vị Áo, công nhận chủ quyền của Phổ ở Silesia và Maria Theresia cắt nhường Công quốc Parma cho Felipe của Tây Ban Nha.[103]